Подземная мечеть расположена на некотором расстоянии от некрополя, к северо-востоку от него. Мечеть Султан-эпе вырублена в толще известняковых пластов. Мечеть расположена в самой южной части северного побережья моря.
В 2003 г. на памятнике сотрудниками Мангистауского государственного историко-культурного заповедника были произведены археологические исследования под руководством А.Астафьева и М.Калменова.
Подземная мечеть состоит из 9 помещений. Входное помещение оканчивается подобием очень крутой лестницы, сложенной из необработанных каменных плит разных размеров. Лестница опускается в небольшой зал с высоким сводом и световым проемом. Стены выложены из камня. Внутри помещения имеется лестница, которая ведет высоко наверх. Зал прямоугольный, а стены горизонтально высотой до 3 м. На северной стене зала также имеется световой проем, который ведет к узкой комнате.
Согласно книге «Сборник сведений о кавказских горцах / Предания адаевцев о святых секты ханафие, живших и умерших на Мангышлаке (Вып. 7, Тифлис, 1873 г.)», Султан-эпе - сын небезызвестного среднеазиатского поэта-мистика Хаким-ата (Сулеймана Бакыргани) – ученика Ахмеда Яссави и Амбар-ана. По легенде, Султан-эпе является покровителем тонущих людей на воде и рыбаков. Он совершает много чудес. Например, переносит для отца Каабу в Бакырган (Хорезм), чудесным образом оживляет заколотых быков и др. Однако Хаким-ата с недоверием и ревностью относится к деяниям своего сына. В ответ на это, Султан-эпе, простившись с отцом и матерью, становится невидимым. Узнав об этом, Ходжа Ахмед Яссави наказывает Хаким-ата, благославлением наоборот – якобы, по его повелению над могилой последнего сорок лет текли воды Амударьи, а город Бакырган был разрушен.