Национальный центр экспертизы осуществляет свою деятельность в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения путём проведения лабораторных исследований и инструментальных замеров факторов среды обитания человека, дезинфекционных, дезинсекционных и дератизационных мероприятий, обучения по образовательным программам.
НЦЭ состоит из 21 филиала:
19 областных, в том числе филиалы по городам Алматы и Астана;
2 центра дезинфекции — по Туркестанской области и по г. Алматы.
В свою очередь филиалы имеют:
21 городское отделение;
155 районных отделений.
Для эффективного достижения основных задач НЦЭ имеет следующий состав лабораторий и подразделений:
санитарно-гигиенические лаборатории;
радиологические лаборатории;
бактериологические лаборатории с отделениями бактериологии и паразитологии;