Железнодорожный вокзал Магдагачи — это двухэтажное здание, построенное в конце 1980-х годов. Первое здание вокзала было возведено в 1915 году, спустя год после появления железнодорожной станции. Современное сооружение предназначено для обслуживания пассажиров и оснащено залом ожидания, кассами по продаже билетов на поезда дальнего следования и электрички, а также камерами хранения. Для удобства предусмотрены парковочные места, включая специализированные для маломобильных граждан, а также адаптированные входные группы с пандусами и тактильными указателями. В здании имеются комнаты отдыха и банкоматы. Вокзал играет важную роль в транспортной инфраструктуре региона, обеспечивая связь между населенными пунктами и способствуя развитию пассажирских перевозок.