Мечеть названа в честь одного из самых почитаемых суфиев-миссионеров. По легенде, место для строительства мечети указала стрела. Учитель дервиша дал задание своим ученикам: выпустить из отверстия в куполе юрты стрелы, чтобы определить путь, по которому они пойдут проповедовать суфизм под видом пастухов. Стрела Шопан ата упала на небольшой горе Мангышлака, вблизи аула богатого скотовода Баяна. Бай видел чудеса, которые творил пастух — он делал так, что в его стаде рождались только белые или только чёрные овцы. После этого, Баян отдал в жёны пастуху свою дочь и стал его покровителем. У подножия горы, на которую упала стрела, Шопан ата построил мечеть.